Theo Thứ trưởng Bộ GD&ĐT Bùi Văn Ga: Sau những ý kiến trao đổi thẳng thắn và trách nhiệm, Bộ GD&ĐT đã đi đến quyết định cuối cùng: Không chấp nhận việc Đại học Y Hà Nội tuyển thêm 150 thí sinh có điểm thi từ 26 – 27,5 theo học hệ ngoài ngân sách như đề xuất. Bộ GD&ĐT yêu cầu Đại học Y Hà Nội giữ nguyên chỉ tiêu đào tạo là 1.050, việc tính toán thế nào để những thí sinh có điểm thi cao trúng tuyển vào trường là của Đại học Y Hà Nội, nhưng không được quá chỉ tiêu được giao.

Được biết, năm 2008 cũng từ Đại học Y Hà Nội điểm trúng tuyển vào ngành Bác sĩ Răng Hàm Mặt là 28,5 điểm, năm này Đại học Y Hà Nội cũng đã đề xuất xin mở hệ đào tạo ngoài ngân sách cho thí sinh thi đạt điểm cao. Khi đó, Bộ GD&ĐT cho phép với điều kiện: Các trường muốn đào tạo hệ ngoài ngân sách thì điểm thi của thí sinh phải cao và nhà trường phải đủ điều kiện cơ sở vật chất đáp ứng được việc tuyển thêm chỉ tiêu.

Tuy nhiên, một thời gian sau đó, hệ đào tạo ngoài ngân sách được mở ở nhiều trường và bộc lộ mặt trái  khiến xã hội bức xúc: Đó là việc tạo điều kiện cho nhiều thí sinh giỏi vào học hệ này, cũng đồng nghĩa với việc hạn chế nguồn tuyển chất lượng với các trường top dưới, rồi chuyện mức học phí do từng trường đề cao nhiều lần so với quy định chung, nhiều trường tuyển đào tạo hệ ngoài ngân sách với số điểm không cao hơn so với điểm nguyện vọng 1, hoặc  không xét tuyển thêm nguyện vọng bổ sung mà thông báo tuyển hệ ngoài ngân sách. 

Chính vì vậy, từ năm 2011, Bộ GD&ĐT đã quyết định dừng hệ đào tạo ngoài ngân sách, hay còn gọi là hệ đào tạo theo nhu cầu xã hội, nhằm tạo công bằng trong tuyển sinh. Việc làm này đã được đông đảo các nhà quản lý giáo dục, các nhà trường và xã hội đồng tình. Nhằm giữ nghiêm quy chế tuyển sinh, năm 2013 này, Bộ GD&ĐT không chấp nhận ngoại lệ đối đề xuất của Đại học Y Hà Nội.